/ usr / bin / ld: не удается найти ошибку -l <library> при компиляции (без sudo)

Поделюсь с вами своей проблемой:

В основном мне нужно скомпилировать инструмент (Freebayes: https://github.com/ekg/freebayes) в кластере под управлением rhel fedora 6.5, где у меня нет прав sudo.

Когда я компилирую с помощью make, я получаю такую ​​ошибку:

/usr/bin/ld: cannot find -llzma
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [libhts.so] Error 1
make[4]: Leaving directory `/home/gspirito/freebayes/SeqLib/htslib'
make[3]: *** [all-recursive] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/gspirito/freebayes/SeqLib'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/gspirito/freebayes/SeqLib'
make[1]: *** [../SeqLib/src/libseqlib.a] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/gspirito/freebayes/src'
make: *** [all] Error 2

Это должно означать, что он не может найти liblzma.so, на самом деле, если я запускаю 'locate liblzma.so', он дает мне следующее:

/usr/lib64/liblzma.so.0
/usr/lib64/liblzma.so.0.0.0

Liblzma.so находится в папке у меня дома (es: / home / usr / packages / lib), которую я уже добавил в LD_LIBRARY_PATH в файле .bashrc. (экспорт LD_LIBRARY_PATH = / home / gspirito / packages / lib: / usr / lib64 /: $ LD_LIBRARY_PATH). А также к C_INCLUDE_PATH и CPLUS_INCLUDE_PATH.

Я искал решение, и на многих форумах предлагается связать два файла следующим образом:

ln -s /usr/lib64/liblzma.so.0 /home/usr/packages/lib/liblzma.so.0

Но у меня нет на это разрешения.

Я думал об изменении своего Makefile, чтобы он искал библиотеки в моем / home, но у меня в этом нет опыта. Это мой Makefile:

all: vcflib/Makefile log
    cd src && $(MAKE)

wbamtools: vcflib/Makefile log
    cd src && $(MAKE) -f Makefile.bamtools

log: src/version_git.h
    wget -q http://hypervolu.me/freebayes/build/$(shell cat src/version_git.h | grep v | cut -f 3 -d\  | sed s/\"//g) &

src/version_git.h:
    cd src && $(MAKE) autoversion
    touch src/version_git.h

vcflib/Makefile:
    @echo "To build freebayes you must use git to also download its submodules."
    @echo "Do so by downloading freebayes again using this command (note --recursive flag):"
    @echo "    git clone --recursive git://github.com/ekg/freebayes.git"
    @error

debug:
    cd src && $(MAKE) debug

install:
    cp bin/freebayes bin/bamleftalign /usr/local/bin/

uninstall:
    rm /usr/local/bin/freebayes /usr/local/bin/bamleftalign

test:
    cd test && make test

clean:
    cd src && $(MAKE) clean
    rm -fr bin/*

.PHONY: all install uninstall clean test

Как мне изменить его, чтобы он искал -liblzma в / home / usr / packages / lib /?

Большое спасибо всем, кто готов ответить.

Использовать полный путь в библиотеке?

Some programmer dude 30.10.2018 10:18

Привет, извините, я новичок в этом, не могли бы вы мне посоветовать, где и как я должен поместить полный путь к библиотеке в Makefile?

Giovanni Spirito 30.10.2018 12:54

Вместо использования (например) -lsomelibrary используйте полный путь, как в /root/path/to/libsomelibrary.so.

Some programmer dude 30.10.2018 12:57
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
3
852
0

Другие вопросы по теме