В DataFrame.pivot() результат отличается от того, что я ожидал

В ваших данных серый столбец (индекс строки) отсутствует:

df = pd.DataFrame({'variable': list('aaabbbccc'), 'value': range(9)})
print(df)

# Output
  variable  value
0        a      0
1        a      1
2        a      2
3        b      3
4        b      4
5        b      5
6        c      6
7        c      7
8        c      8

Добавьте серый столбец:

df['grey'] = df.groupby('variable').cumcount()
print(df)

# Output
  variable  value  grey
0        a      0     0
1        a      1     1
2        a      2     2
3        b      3     0
4        b      4     1
5        b      5     2
6        c      6     0
7        c      7     1
8        c      8     2

Теперь вы можете поворачивать:

df = df.pivot('grey', 'variable', 'value')
print(df)

# Output
variable  a  b  c
grey             
0         0  3  6
1         1  4  7
2         2  5  8

Найдите время, чтобы прочитать Как я могу повернуть фрейм данных?