В Python, как лучше всего создать JSON с несколькими ключами

Одно из возможных решений:

import json

data = {
    'Account1': {
        'User1': 'Last Used Date',
        'User2': ' '
    },
    'Account2': {
        'User3': ' '
    }
}

print(json.dumps(data))

В зависимости от ваших потребностей, это может обеспечить большую гибкость в будущем коде, чтобы сделать список таких диктовок:

accounts = \
[
   {
     "account": "Account1",
     "user": "User 1",
     "last_used": datestring
   },
   {
     "account": "Account1",
     "user": "User 2",
     "last_used": datestring
   },
   {
     "account": "Account2",
     "user": "User 3",
     "last_used": datestring
   }
 ]