Возможно ли иметь дополнительный выходной файл в Snakemake?

Посмотрите, как работает функция expand. Она вызывается на этапе, когда Snakemake создает DAG зависимостей, и использует результат этой функции для построения списка файлов для раздела output.

Я бы предложил вам попробовать то же самое: построить список, который был бы либо пустым, либо нет - в зависимости от условия.

Это решение будет работать, только если вы заранее знаете, нужен ли вам out_fastqc2 (однако определение 2 правил с приоритетами делает то же самое). Если вы получаете информацию о необходимости out_fastqc2 только во время выполнения правила, это совсем другой случай, когда вам нужны контрольные точки.

Ниже приведен код, иллюстрирующий мой подход: out_fastqc2 становится строкой, описывающей файл (если end_type настроен на "pe"), в противном случае становится пустым списком, который не меняет список выходов.

output:
    out_fastqc = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_trimmed.fastq.gz",
    out_fastqc2 = lambda wildcards: return_fastq2_name(wildcards.fastq_name,wildcards.unit) if config["end_type"] == "pe" else []

Поскольку выбор между парным и односторонним подключением кажется фиксированным в конфигурации, вы можете попытаться определить правило двумя способами в зависимости от конфигурации:

if config["end_type"] == "se":
    rule do_fastp:
        input:
        #get the value in the fast1 column
            fastq_file = lambda wildcards: return_fastq(wildcards.fastq_name, wildcards.unit, first_pair = True)
        output:
            out_fastqc = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_trimmed.fastq.gz",
            fastpjson = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_fastp.json",
            fastphtml = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_fastp.html"
        params:
            fastp_parameters = return_parsed_extra_params(config['fastp_parameters']),
        shell:
            """
            {config[fastp_path]} -i {input.fastq_file} -o {output.out_fastqc} \\
                --json {output.fastpjson} --html {output.fastphtml} \\
                {params.fastp_parameters}
            """
if config["end_type"] == "pe":
    rule do_fastp:
        input:
        #get the value in the fast1 column
            fastq_file1 = lambda wildcards: return_fastq(wildcards.fastq_name, wildcards.unit, first_pair = True),
            fastq_file2 = lambda wildcards: return_fastq(wildcards.fastq_name, wildcards.unit, first_pair = False)
        output:
            out_fastqc1 = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_trimmed_1.fastq.gz",
            out_fastqc2 = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_trimmed_2.fastq.gz",
            fastpjson = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_fastp.json",
            fastphtml = config["fastp_trimmed_output_folder"] + "{unit}/{fastq_name}_fastp.html"
        params:
            fastp_parameters = return_parsed_extra_params(config['fastp_parameters']),
        shell:
            """
            {config[fastp_path]} \\
                --in1 {input.fastq_file1} --in2 {params.fastq_file2} \\
                --out1 {output.out_fastqc1} --out2 {output.out_fastqc2} \\
                --json {output.fastpjson} --html {output.fastphtml} \\
                {params.fastp_parameters}
            """