Я знаю, что это было бы плохой практикой, но есть ли способ объединить отдельные XSD в один файл, но с сохранением разных пространств имен?
Нет, вы должны организовать схему так, чтобы разные целевые пространства имен находились в разных документах схемы.
Вы, конечно, можете хранить данные в какой-то другой форме и генерировать XSD-документы, но это не очень удобно.
Спасибо, Майкл. Надеюсь, не придется идти по последнему пути.