Выбирать строки на основе сочетания совпадающих и несоответствующих столбцов

Это ни в коем случае не быстрее, чем рабочее решение data.table, но оно работает с базовым R:

dat <- data.frame(a = c("0/0", "0/1", "0/0", "0/0" ),
                   b = c("0/1", "./.", "0/1", "0/0"),
                   c = c("1/0", "0/0", "1/1", "0/0"),
                   d = c("1/0", "0/0", "1/1", "0/0"),                       
                   f = c("L", "L", "T", "L"))

dat
f <- which(colnames(dat) == 'f')
rows <- apply(dat, 1, function(x)  x[f] == "L" & !any("./." == x[-f]) & any("0/1" == x[-f]) | any("1/0" == x[-f]) )
dat[rows,]

Он использует функцию применения, чтобы применить функцию к данным построчно.

Аналогично предыдущему ответу:

apply(data[, 1:4], 1, function(a) any(a %in% c("0/1","1/0")) && !any(a[1:3] == "./.")) & data$f == "L"

data[ apply(sapply(data[1:4], `%in%`, c('0/1','1/0')), 1, any) &
      apply(sapply(data[1:3], Negate(`%in%`), c('./.')), 1, all) &
      data$f == "L", ]
#     a   b   c   d f
# 1 0/0 0/1 1/0 1/0 L

Сломано:

sapply(data[1:4], `%in%`, c('0/1','1/0'))
#          a     b     c     d
# [1,] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE
# [2,]  TRUE FALSE FALSE FALSE
# [3,] FALSE  TRUE FALSE FALSE
# [4,] FALSE FALSE FALSE FALSE

Это дает нам экземпляры в первых четырех столбцах с одним из двух «требуемых» шаблонов. Нам нужны строки, в которых он находится в любой столбцов, поэтому мы "произвольно" по ним:

apply(sapply(data[1:4], `%in%`, c('0/1','1/0')), 1, any)
# [1]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE

Точно так же найдите те, у которых паттерны «нежелательны»:

sapply(data[1:3], Negate(`%in%`), c('./.'))
#         a     b    c
# [1,] TRUE  TRUE TRUE
# [2,] TRUE FALSE TRUE
# [3,] TRUE  TRUE TRUE
# [4,] TRUE  TRUE TRUE
apply(sapply(data[1:3], Negate(`%in%`), c('./.')), 1, all) # notice "all", not "any"
# [1]  TRUE FALSE  TRUE  TRUE

Теперь нам нужна буква «L» в последнем столбце (= = "L"), чтобы напрямую связать их логически с &.

Другой вариант:

data[f= = "L", .SD[apply((.SD= = "1/0" | .SD= = "0/1") & !apply(.SD= = "./.",1,any), 1, any)], 
    .SDcols=c("a","b","c","d")]

Вот простое решение с использованием apply из базы R -

test <- apply(data, 1, function(x) {
  any(x %in% c("0/1", "1/0")) & !any(x == "./.") & x["f"] == "L"
})

data[test, ]

#     a   b   c   d f
# 1 0/0 0/1 1/0 1/0 L

Сначала вы можете объединить столбцы a, b, c и d вместе.

data[, abcd := paste(a, b, c, d)]

Затем я бы создал еще один новый столбец, который сообщит мне, выполнены ли условия. Я сначала ставил на все FALSE.

data[, Selection := F]

Далее только для столбцов, соответствующих условиям, назначается TRUE.

(1) наличие "0/1" или "1/0" в a, b, c или d, или просто abcd

(2) отсутствие "./." в abcd

(3) наличие "L" в столбце f

data[(grepl("0/1", abcd) | grepl("1/0", abcd)) & !grepl("\\./\\.", abcd) &
     f == "L",
     Selection := T]

Отсюда я могу выбрать строки, необходимые для

data[(Selection), ]