Как предполагает @Axeman, geom_tile делает свою работу. Я обновил ваш код, чтобы привести пример ниже. Здесь colour определяет цвет границы, а size определяет толщину.

#Dataset
missmap_data_test <- data.frame(var1 = c(11, 26, NA, NA, 15),
                                var2 = c(NA, NA, 0, NA, 1))

# Load libraries
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(reshape2)

#Create Function
ggplot_missing <- function(x){
    x %>% 
      is.na %>%
      melt %>%
      ggplot(data = .,
             aes(x = Var2,
                 y = Var1)) +
      geom_tile(aes(fill = value), colour = "#FF3300", size = 2) +
      scale_fill_grey(name = "",
                      labels = c("Present","Missing")) +
      theme_minimal() + 
      theme(axis.text.x  = element_text(angle=90, hjust=1)) + 
      labs(x = "Variables in Dataset",
           y = "Observations")
  }

#Feed the function my new data
ggplot_missing(missmap_data_test)

^{Created on 2019-05-30 by the reprex package (v0.3.0)}

Если вы получаете зазубрины в верхнем левом углу (обсуждается здесь и видно на графике выше), вы можете обновить версию ggplot2 для разработки. То есть devtools::install_github("tidyverse/ggplot2"). Например, сравните график выше с графиком ниже:

Обновлять

Я предполагаю, что это игрушечный пример, поэтому я попытался найти универсальное решение. Здесь я создал функцию под названием boxy, которая создаст фрейм данных для geom_rect на основе исходного фрейма данных.

#Dataset
missmap_data_test <- data.frame(var1 = c(11, 26, NA, NA, 15),
                                var2 = c(NA, NA, 0, NA, 1))

# Function for making box data frame
boxy <- function(df){
  data.frame(xmin = seq(0.5, ncol(df) - 0.5),
             xmax = seq(1.5, ncol(df) + 0.5),
             ymin = 0.5, ymax = nrow(df) + 0.5)
}

# Load libraries
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(reshape2)

#Create Function
ggplot_missing <- function(x){
  df_box <- boxy(x)
  df_rast <- x %>% is.na %>% melt
     
  ggplot() +
  geom_raster(data = df_rast,
              aes(x = Var2,
                  y = Var1,
                  fill = value)) +
  geom_rect(data = df_box, 
            aes(xmin = xmin, xmax = xmax,
                ymin = ymin, ymax = ymax),
            colour = "#FF3300", fill = NA, size = 3) + 
  scale_fill_grey(name = "",
                  labels = c("Present","Missing")) +
  theme_minimal() + 
  theme(axis.text.x  = element_text(angle = 90, hjust = 1)) + 
  labs(x = "Variables in Dataset",
       y = "Observations")
}

#Feed the function my new data
ggplot_missing(missmap_data_test)

^{Created on 2019-05-30 by the reprex package (v0.3.0)}

Если вы добавите третью переменную (например, столбец) в свой фрейм данных, вы получите что-то вроде этого: