Есть ли способ заменить вывод в eclipse, пока программа все еще работает?

Чтобы сделать это, вы не можете сделать это в терминале. Для этого рассмотрите возможность использования JFrames. JFrames открывает реальную панель на вашем экране, которая показывает содержимое.

на самом деле это не столько IDE, сколько ОС:

public static void clearScreen() {  
    System.out.print("\033[H\033[2J");  
    System.out.flush();  
}  

Прочитай это: ссылка: Java: очистить консоль