Есть ли в R способ раскрасить дерево фитоинструментов на основе вектора факторов из фрейма данных?

У меня есть дерево с 18 кончиками, которое выглядит так;

library(phytools)
# Create tree
sim.tree<-pbtree(n=18)
plot(sim.tree)

Затем у меня есть фрейм данных с именем подсказки и вектором факторов, которые я хотел бы использовать для окрашивания дерева, например;

df<-data.frame(tip = paste0("t", 1:18),
               vector.to.color.with = as.factor(c("<10", "10-20", "10-20", "10-20", "NA", "10-20", 
                                   "10-20", "10-20", "20-35", "<10", "10-20", "<10", 
                                   "35", "20-35", "<10", "NA", "10-20", "<10")))

Я пробовал использовать tip.color() и plotBranchbyTrait() безрезультатно. Я знаю, что это, вероятно, делается все время, и мне не хватает чего-то простого. Любая помощь приветствуется

23.03.2022 04:31

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

проверить ?plot.phylo

library(phytools)
# Create tree
df<-data.frame(tip = paste0("t", 1:18),
               vector.to.color.with = as.factor(c("<10", "10-20", "10-20", "10-20", "NA", "10-20", 
                                                  "10-20", "10-20", "20-35", "<10", "10-20", "<10", 
                                                  "35", "20-35", "<10", "NA", "10-20", "<10")))
set.seed(123)
sim.tree<-pbtree(n=18)
cols <- as.integer(df$vector.to.color.with[match(sim.tree$tip.label,df$tip)])
plot(sim.tree, tip.color = cols)

Спасибо @Стефано Барби. Это окрашивает дерево, но не соответствует имени подсказки. Например, t13 — единственный наконечник с коэффициентом «35» и, следовательно, должен быть единственным наконечником с таким цветом. Может быть, я упускаю связь между деревом и вектором? Любая помощь приветствуется.

— 23.03.2022 20:57

@ Дастин Ты прав. Забавно, что я проверил другое дерево (без семян), и случайно цвета, которые я проверил, совпали. Теперь это должно работать.

— 23.03.2022 22:13

Спасибо @Stefano Barbi! Это сработало и на моих реальных данных!

— 24.03.2022 02:08

Еще раз спасибо @Stefano Barbi! Я поднял это на следующий уровень, если это вас интересует. stackoverflow.com/questions/71610843/…

— 25.03.2022 01:18

23.03.2022 11:17