Я использую программируемый фильтр в Paraview для экспорта поля с именем metrique
с целью повторного создания сетки. metrique
— это VTKCompositeDataArray, состоящий из 9 значений для каждой точки результатов моих вычислений (матрица 3*3). Я хотел бы заменить значения на диагональном члене этого VTKCompositeDataArray, если он проходит ниже порогового значения, но получаю сообщение об ошибке: «Объект VTKCompositeDataArray не поддерживает назначение элементов».
Вот мой скрипт на Python (программируемый фильтр в Paraview):
import numpy as np
import vtk
#Parameters
nb_points=395699
replacement_value=0.5
lower_threshold=0.5
#Reading quantities
input0=inputs[0]
Velocity=input0.PointData["Velocity"]
gradU=gradient(Velocity)
U=Velocity[:,0]
# Repeat the array along a new axis to create the desired shape
B = np.array([[[0.1,0,0],[0,0.1,0],[0,0,0.1]]])
B_tensorial = np.tile(B, (nb_points, 1, 1))
# Get indices of diagonal elements
diagonal_indices = np.diag_indices(B_tensorial.shape[1])
metrique=gradU*B_tensorial*U
# Apply the condition and replace values for diagonal elements
metrique[..., diagonal_indices[0], diagonal_indices[1]] = np.where(abs(metrique[..., diagonal_indices[0], diagonal_indices[1]]) > lower_threshold, replacement_value, metrique[..., diagonal_indices[0], diagonal_indices[1]])
output.PointData.append(abs(metrique), "metrique")
Этот код работает хорошо, если я применю его к массиву Numpy, но не к массиву VTK metrique
. Как заменить диагональные члены в массиве VTK metrique
, следуя требуемым условиям?
В ответ на один ответ я попытался создать функцию для преобразования VTKCompositeDataArray в массив Numpy для работы с ним, но получил ошибку File "", строка 18 в vtk_composite_data_array_to_numpy AttributeError: объект «VTKCompositeDataArray» не имеет атрибута «GetNumberOfArrays».
def vtk_composite_data_array_to_numpy(composite_data_array): # Получаем количество массивов в составном массиве данных num_arrays = Composite_data_array.GetNumberOfArrays()
# Initialize an empty list to store the arrays
arrays = []
# Iterate over each array in the composite data array
for i in range(num_arrays):
# Get the i-th array
array = composite_data_array.GetArray(i)
# Convert the vtkDataArray to a NumPy array
num_values = array.GetNumberOfTuples() * array.GetNumberOfComponents()
numpy_array = np.zeros(num_values, dtype=array.GetDataType())
array.ExportToVoidPointer(numpy_array)
# Reshape the 1D NumPy array into the appropriate shape
numpy_array = numpy_array.reshape((array.GetNumberOfTuples(), array.GetNumberOfComponents()))
# Append the NumPy array to the list
arrays.append(numpy_array)
# Concatenate the arrays into a single NumPy array
numpy_array = np.concatenate(arrays, axis=0)
return numpy_array
Большое спасибо за вашу помощь!
VTKCompositeDataArray
— это тонкий слой вокруг списка фактического массива из-за некоторого управления памятью.
Вы можете перебирать каждый фактический массив через список metrique.Arrays
.
Дополнительную информацию об этой упаковке см. в этом документе .
изменить: подробнее о составных массивах
CompositeArray по своей природе представляет собой коллекцию массивов, поскольку связанный с ним набор данных сам по себе является коллекцией наборов данных. Поскольку каждый из поднаборов данных должен иметь свой собственный массив, определенный в памяти, вы не должны/не можете манипулировать одним массивом numpy, чтобы охватить их все.
Лучший способ, если это возможно, — использовать модуль algorithm.py
, который обертывает часть numpy. В противном случае перебирайте массивы, делайте свои numpy-материалы, добавляйте numpy-массив в список и заполняйте составной объект.
import numpy
output.ShallowCopy(inputs[0].VTKObject)
composite_dataset = output
composite_array = composite_dataset.PointData["RandomPointScalars"]
# shortest way if available
#res = add(composite_array, 2)
# iterate and recreate composite array
res_list = []
for subarray in composite_array.Arrays:
res_list.append(numpy.add(subarray, 2))
res = dataset_adapter.VTKCompositeDataArray(res_list)
# append to dataset attributes
output.PointData.append(res, "res")