df %>% mutate(across(-id, ~ifelse(is.na(.), 0, 1)))
id diabetes lipids
1 1 1 0
2 2 0 0
3 3 1 1
Ты можешь сделать :
df[-1] <- +(!is.na(df[-1]))
df
# id diabetes lipids
#1 1 1 0
#2 2 0 0
#3 3 1 1