Заполнить фрейм данных недостающими данными в R

Может быть проще создать новый пустой фрейм данных со всеми местоположениями сетки, а затем заполнить его известными значениями.

Подробности смотрите в комментариях:

library(dplyr)
#create default matrix with all grid locations
qx <- rep(seq(10, 90, 10), each=9)
qy <- rep(seq(10, 90, 10), 9)
empty <- data.frame(qx, qy)

data<- read.table(header=TRUE, text = " qx    qy     n
 1    10    80     1
 2    10    90     1
 3    20    20     1
 4    20    30     1
 5    20    40     1
 6    20    60     3
 7    30    10     2
 8    30    20     1
 9    30    30     1
10    30    40     2")

#merge the known data with the master matrix
answer <-left_join(empty, data, by=c("qx" = "qx", "qy" = "qy"))
#replace NA with 0
answer$n[is.na(answer$n)] <-0

Следуя той же логике, что и @Dave2e, я использую tidyverse, чтобы сначала создать фрейм данных со всеми комбинациями для местоположений сетки, затем объединить данные, заменить значения NA на 0, а затем построить график. Поскольку я использую только подмножество данных, значения не будут такими же, как сетка в вашем вопросе.

library(tidyverse)

crossing(qx = seq(10, 100, 10), qy = seq(10, 100, 10)) %>% 
  left_join(., df, by = c("qx", "qy")) %>% 
  mutate(n = replace_na(n, 0)) %>% 
  ggplot(.) +
  scale_x_continuous(breaks = seq(0, 100, by = 10)) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 100, by = 10)) +
  geom_text(mapping = aes(x = qx - 5, y = qy - 5, label = n, size = 1))

Выход

Данные

df <- structure(list(qx = c(10L, 10L, 20L, 20L, 20L, 20L, 30L, 30L, 
30L, 30L), qy = c(80L, 90L, 20L, 30L, 40L, 60L, 10L, 20L, 30L, 
40L), n = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 2L, 1L, 1L, 2L)), class = "data.frame", row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"))