Запуск pmd с помощью cmd?

Вы можете перенаправить его, но предпочтительнее использовать опцию «-reportfile»:

pmd -d "C:\refactoring-toy-example" -f csv -R rulesets/java/unusedcode.xml ^
    -reportfile "C:\refactoring-toy-example\pmd-results.csv"

См. https://pmd.github.io/latest/pmd_userdocs_cli_reference.html для получения полной документации по параметрам командной строки.

Преимущество использования параметра reportfile по сравнению с перенаправлением заключается в том, что файл отчета содержит только отчет, но перенаправление вывода также будет содержать операторы журнала во время выполнения PMD (особенно если вы перенаправляете stdout+stderr).

Обратите внимание, что вы используете устаревший набор правил (unusedcode.xml). Попробуйте взглянуть на доступные правила и создать свой собственный набор правил.