Запустил 'git checkout HEAD'. в неправильном каталоге

I accidentally ran 'get checkout HEAD .' in the wrong directory.

Это плохо.

It produced the output 'Updated 2 paths from 2096756f' but I have no idea what my local changes were.

И если у вас нет локальных резервных копий (снимков zfs, macOS Time Machine и т. д.), они просто исчезнут. Git не может помочь вам вернуть их: вы сказали Git удалить их из вашего рабочего дерева, и он это сделал.

I assume that I can't find out,

Если ваша ОС хранит время модификации файлов, найдите два последних измененных файла. Это будут те два, которые git checkout HEAD . перезаписали.

I am wondering how I can protect myself in the future as this command is how I habitually discard local changes.

Измените свои привычки. Вы не можете использовать встроенную команду Git. Вы могу создаете собственный git псевдоним или git команду, которая:

1. проверяет, используете ли вы что-то «безопасное», или проверяет, используете ли вы эту конкретную команду;
2. если вы используете что-то, что вы считаете «безопасным», запускает настоящую команду Git с теми же аргументами, но если вы используете git checkout HEAD ., жалуется и не делает этого.

Поскольку вы пишете эту команду или псевдоним самостоятельно, вы можете выбрать, что будет в разделе «но» шага 2. Это (предположительно) заставит вас изменить свои привычки.

(Я стараюсь использовать git status, а затем git restore -- path/to/file в эти дни, чтобы знать, что я восстанавливаю; я могу вырезать и вставить имя файла из git status здесь.)

Is there some alias I can create that for this that would protect me from such a mistake in the future

Нет. checkout опасен, и Git не защитит вас от вас самих.

Но отличная защита — отказаться от использования checkout. Вместо этого используйте switch и restore. Они значительно затрудняют совершение пагубной ошибки.