Запустите короткий код Python прямо на змейке

У меня есть конвейер змеи, где мне нужно сделать небольшой шаг обработки данных (применив скользящее среднее значение к кадру данных).

Я хотел бы написать что-то вроде этого:

rule average_df:
    input:
        # script = ,
        df_raw = "{sample}_raw.csv"
    params:
        window = 83
    output:
        df_avg = "{sample}_avg.csv"
    shell:
        """
        python
        import pandas as pd
        df=pd.read_csv("{input.df_raw}")
        df=df.rolling(window = {params.window}, center=True, min_periods=1).mean()
        df.to_csv("{output.df_avg}")
        """

Однако это не работает.

Должен ли я создавать файл Python с этими 4 строками кода? Альтернатива, которая приходит мне в голову, немного громоздка. Это было бы

Среднее_df.py

import pandas as pd


def average_df(i_path, o_path, window):

        df=pd.read_csv(path)
        df=df.rolling(window=window, center=True, min_periods=1).mean()
        df.to_csv(o_path)

        return None


if __name__ == "__main__":
    import argparse

    parser = argparse.ArgumentParser(description='Description of your program')
    parser.add_argument('-i_path', '--input_path', help='csv file', required=True)
    parser.add_argument('-o_path', '--output_path', help='csv file ', required=True)
    parser.add_argument('-w', '--window', help='window for averaging', required=True)


    args = vars(parser.parse_args())

    i_path = args['input_path']
    o_path = args['output_path']
    window = args['window']

    average_df(i_path, o_path, window)

А затем правило змеетворения выглядит так:

rule average_df:
    input:
        script = average_df.py,
        df_raw = "{sample}_raw.csv"
    params:
        window = 83
    output:
        df_avg = "{sample}_avg.csv"
    shell:
        """
        python average_df.py --input_path {input.df_raw} --ouput_path {output.df_avg} -window {params.window}
        """

Есть ли более умный или более эффективный способ сделать это? Это было бы прекрасно! Ждем ваших отзывов!