У меня немного странный вопрос: рассмотрим случай контейнерного рабочего процесса, когда весь рабочий процесс выполняется с использованием одного единственного контейнера. Это по-прежнему требует, чтобы python был доступен в системе для вызова змейки --use-singularity, верно? Как я могу избавиться от этой зависимости? Могу ли я просто установить Python, Snakemake и Singularity в свой контейнер и выполнить
singularity exec my-container snakemake --use-singularity
Это безопасно для использования с кластерными конфигурациями?
Редактировать: похоже, вообще не работает - я не смог заставить змейку с сингулярностью работать из другого контейнера...