Филогения — это изучение взаимоотношений между предметами (организмами, концепциями и т. д.); как правило, филогения используется для изучения эволюционных отношений, представленных деревьями, которые могут быть либо филограммой, описывающей вариации «скорости мутации символов» на дереве, либо дендрограммами, где скорость мутации символов одинакова (молекулярные часы)