Ajax / Javascript - обновить только один раз

вы можете обновить страницу с помощью PHP

header('Refresh: 0; url=page1.php');

Чтобы обновить текущую страницу, вы можете использовать -

header("Refresh:0");

Хотя связанный ответ Zeljka - это будущее, если вы уже используете хеши для навигации, возможно, лучше использовать performance.navigation.type.

window.onload = function() {
    if (performance.navigation.type != 1) {
       timedRefresh(3000);
    }
}

function timedRefresh(time) {
    setTimeout(function() {
        location.reload()
    }, time);
}

Обратите внимание, что NavigationType обесценивается, но похоже, что новая спецификация будет иметь эквивалент, когда она появится.

int refresh=0;  

function timedRefresh(timeoutPeriod) {
  setTimeout("location.reload(false);",timeoutPeriod);
  refresh=1;
}

if (refresh==0){
window.onload = timedRefresh(3000);
}


document.getElementById('myModal').style.display='block';

вы можете добавить флаг логическое или целое число, чтобы проверить, загружена ли страница или нет

Проблема в том, что вы перезагружаете ту же самую страницу, поэтому без возможности сохранить тот факт, что вы уже запускали этот код, он просто запустит его снова. Старомодным способом этого было использование файлов cookie:

function timedRefreshIfNoCookie(timeoutPeriod, cookieName) {
    var cookies = document.cookie;
    if (cookies.indexOf(' '+cookieName+'=1;') < 0) {
        document.cookie = cookieName+'=1';
        setTimeout(function () {
            location.reload();
        }, timeoutPeriod);
    }
}
window.onload = function() {
    timedRefreshIfNoCookie(3000, 'refreshed');
}    
document.getElementById('myModal').style.display='block';

Вы, вероятно, можете использовать что-нибудь получше, например локальное хранилище или библиотеку файлов cookie, чтобы упростить работу с файлами cookie.