Библиотека Java, зависимости которой предоставляются реализацией приложения

Вы можете определить зависимости проекта библиотеки как compileOnly:

dependencies {
  compileOnly group: 'com.google.guava', name: 'guava', version: '27.0-jre'
}

Таким образом, ваша зависимость не будет экспортирована и не будет упакована в какие-либо артефакты.

Если вам нужна эта зависимость в тестах, вам также нужно добавить ее в конфигурацию testImplementation.

Из этой части вашего вопроса:

[...] the Java Boot and other libraries are not compiled into that jar blowing up its size.

Я понимаю, что вы применили плагин Springboot к своей библиотеке (которая по умолчанию создает толстую банку со всеми включенными зависимостями), в то время как вы просто хотите создать простую/простую библиотеку java.

Если мое предположение верно, самое простое решение — использовать плагин Springboot только для управления зависимостями, фактически не применяя его к вашему проекту, как объяснено здесь.

Вы также должны применить Плагин библиотеки Java для Gradle, чтобы воспользоваться функцией разделения API/реализации.

Пример скрипта сборки для проекта библиотеки:

plugins {
    id "java-library"
    id "org.springframework.boot" version "2.1.4.RELEASE"  apply false // do not apply it
}
apply plugin: "io.spring.dependency-management"

dependencies {
    // Spring Boot deps 
    implementation "org.springframework.boot:spring-boot-starter-web"

    // libraries you want to "propagate to consumers
    // api group: 'com.google.guava', name: 'guava', version: '23.0'

    // libraries you don"t want to flow in consumers projects
    // implementation ....

    // Test deps
    testImplementation "org.springframework.boot:spring-boot-starter-test"
}
dependencyManagement {
    imports {
        mavenBom org.springframework.boot.gradle.plugin.SpringBootPlugin.BOM_COORDINATES
    }
}