Функция fgets может добавить символ новой строки '\n' к введенной строке, если в соответствующем массиве символов есть место.

Вам следует удалить его, например:

ipt[ strcspn( ipt, "\n" ) ] = '\0';

В противном случае ваш код также выводит строку для символа новой строки.

И после этого этот оператор if в цикле for:

    if (i < strlen(ipt) - 1)
        printf("%s ", py[ipt[i] - '0']);
    else
        printf("%s", py[ipt[i] - '0']);

следует удалить. Достаточно написать:

printf("%s ", py[ipt[i] - '0']);

В общем, вам следует проверить, действительно ли введенная строка содержит только знак и цифры.

Вы проигнорировали возвращаемое значение fgets():

fgets(ipt, 100, stdin);

fgets() вернуть нулевой указатель, указывающий на ошибку. Кроме того, fgets() включите во входные данные новую строку (если достаточно места). Самое простое решение по его удалению:

ipt[strcspn(ipt, "\n")] = 0;

Теперь вы можете перебирать strlen() байты, как и изначально. За исключением того, что вам не нужно вызывать strlen() дважды на каждой итерации. Просто кэшируйте значение:

size_t ipt_len = strlen(ipt);

Теперь код становится:

for (i; i < ipt_len; i++) {
    if (i < ipt_len - 1)

Но поскольку вы уже используете strlen(), вы можете избежать вызова strcspn() и сделать:

size_t ipt_len = strlen(ipt); 

if (ipt_len > 0 && name[ipt_len - 1] == '\n') {
    name[--ipt_len] = '\0';
}

Вы также можете упростить вызовы printf():

#if 0
if (i < ipt_len - 1) 
    printf("%s ", py[ipt[i] - '0']);
else
    printf("%s", py[ipt[i] - '0']);
#else
printf("%s%s", py[ipt[i] - '0'], i < ipt_len - 1 ? " " : "");
#endif

Или вообще пропустите пробелы.

Однако вам не удалось проверить, действительно ли входные данные полностью состояли из цифр и знака минус. Должна быть предусмотрена хотя бы какая-то элементарная проверка.

Также обратите внимание, что внутренний размер py:

char py[10][6] = {"ling", "yi", "er", "san", "si", "wu", "liu", "qi", "ba", "jiu"};

должно быть не более 5, а не 6, поскольку самая длинная строка — "ling" и имеет размер 5.

Или вы можете использовать массив char *:

static const char *const py[] = {"ling", "yi", "er", "san", "si", "wu", "liu", "qi", "ba", "jiu" };

Кроме того, самое внешнее измерение является необязательным и может быть опущено, поскольку оно может быть определено компилятором автоматически.

Проблема с вашим текущим кодом в первую очередь связана с обработкой символа новой строки, который включается при использовании fgets для чтения ввода. Когда вы читаете ввод с помощью fgets, он захватывает символ новой строки \n в конце ввода. Вот почему вы получаете неожиданные результаты. Символом новой строки необходимо правильно управлять, чтобы не интерпретировать его как часть числа. Попробуйте что-то вроде этого:

#include <stdio.h>
#include <string.h>

#define MAX_INPUT_LENGTH 100
#define NUM_DIGITS 10

const char *PYININ_DIGITS[NUM_DIGITS] = {
    "ling", "yi", "er", "san", "si", "wu", "liu", "qi", "ba", "jiu"
};

void trim_newline(char *input) {
    int len = strlen(input);
    if (input[len - 1] == '\n') {
        input[len - 1] = '\0';
    }
}

void print_pinyin(const char *input) {
    int i = 0;
    if (input[0] == '-') {
        printf("fu ");
        i++;
    }
    for (; input[i] != '\0'; i++) {
        printf("%s", PYININ_DIGITS[input[i] - '0']);
        if (input[i + 1] != '\0') {
            printf(" ");
        }
    }
    printf("\n");
}

int main() {
    char input[MAX_INPUT_LENGTH];
    if (fgets(input, sizeof(input), stdin)) {
        trim_newline(input);
        print_pinyin(input);
    }
    return 0;
}

Пример использования 1:

600
liu ling ling

Пример использования 2:

-600
fu liu ling ling