CreateProgram не учитывает компиляторOptions.paths?

Согласно документам typescript, вам нужно указать baseUrl при использовании paths.

const program = ts.createProgram(
  [join(__dirname, 'main.ts')],
  {
    baseUrl: '.', // <- add this
    paths: {
      '@/*': ['src/*'],
    },
  },
);

Если это не сработает, используйте относительный путь (в качестве обходного пути) для импорта модуля из main.ts и отправьте сообщение об ошибке по адресу typescript.