Добавить комментарий в начало документа

Здесь

import xml.etree.ElementTree as ET

root = ET.fromstring('<root><e1><e2></e2></e1></root>')
comment = ET.Comment('Here is a  Comment')
root.insert(0, comment)
ET.dump(root)

выход

<root><!--Here is a  Comment--><e1><e2 /></e1></root>

Вот как можно добавить комментарий в нужную позицию (после объявления XML, перед корневым элементом) с помощью lxml, используя метод addprevious().

from lxml import etree

root = etree.fromstring('<root><x>y</x></root>')
comment = etree.Comment('This is a comment')
root.addprevious(comment)  # Add the comment as a preceding sibling

etree.ElementTree(root).write("out.xml",
                              pretty_print=True,
                              encoding = "UTF-8",
                              xml_declaration=True)

Результат (out.xml):

<?xml version='1.0' encoding='UTF-8'?>
<!--This is a comment-->
<root>
  <x>y</x>
</root>