Docker + R: почему метод «сохранить» не работает?

Это может быть одна из нескольких возможных вещей, две главные (на мой взгляд):

1. Docker по умолчанию уничтожает среду (например, изменения файловой системы) при остановке контейнера. Это может быть преимуществом для безопасности, чистоты кода и т. д., Но для этого требуется, чтобы, если у вас должна быть сохраняемость на уровне файлов после создания контейнера, вы должны явно настроить его.

   Ни с чем файл не найден.

   root@myhost:/tmp/ltest# ll
   total 76
   drwxr-xr-x  2 root root  4096 Sep 26 19:08 ./
   drwxrwxrwt 35 root root 69632 Sep 26 19:08 ../
   
   
   root@myhost:/tmp/ltest# docker run \
     --rm -it rocker/tidyverse:3.3.3 \
     R -e "save(mtcars, file='mt.rda')"
   
   R version 3.3.3 (2017-03-06) -- "Another Canoe"
   Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   
   R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
   You are welcome to redistribute it under certain conditions.
   Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
   
   R is a collaborative project with many contributors.
   Type 'contributors()' for more information and
   'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
   
   Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
   'help.start()' for an HTML browser interface to help.
   Type 'q()' to quit R.
   
   > save(mtcars, file='mt.rda')
   >
   >
   
   root@myhost:/tmp/ltest# ll
   total 76
   drwxr-xr-x  2 root root  4096 Sep 26 19:08 ./
   drwxrwxrwt 35 root root 69632 Sep 26 19:08 ../
   

   Однако, если вы явно установите том или точку монтирования (https://docs.docker.com/storage/volumes/#choose-the--v-or---mount-flag), стойкость может быть достигнута.

   root@myhost:/tmp/ltest# docker run \
     -v /tmp/ltest:/tmp/rtest/ \
     --rm -it rocker/tidyverse:3.3.3 \
     R -e "save(mtcars, file='/tmp/rtest/mt.rda')"
   
   R version 3.3.3 (2017-03-06) -- "Another Canoe"
   Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   
   R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
   You are welcome to redistribute it under certain conditions.
   Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
   
   R is a collaborative project with many contributors.
   Type 'contributors()' for more information and
   'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
   
   Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
   'help.start()' for an HTML browser interface to help.
   Type 'q()' to quit R.
   
   > save(mtcars, file='/tmp/rtest/mt.rda')
   >
   >
   
   root@franz:/tmp/ltest# ls -l
   total 4
   -rw-r--r-- 1 root root 1234 Sep 26 19:04 mt.rda
   

2. Если вы уже монтируете его с помощью какого-либо механизма, убедитесь, что вы установили путь в команде save или предварительно установили рабочий каталог процесса R:

   docker run \
     -v /tmp/rtest:/tmp/rtest/ \
     -w /tmp/rtest/ --rm -it \
     rocker/tidyverse:3.3.3 R -e "save(mtcars, file='mt.rda')"
   docker run \
     -v /tmp/rtest:/tmp/rtest/ \
     --rm -ti \
     rocker/tidyverse:3.3.3 R -e "save(mtcars, file='/tmp/rtest/mt.rda')"
   

Обратите внимание, что расположение каталога снаружи и внутри контейнера уникально; хотя вы можете сделать их такими же, в этом нет необходимости. В этом примере каталог настоящий вне контейнера - /tmp/ltest/, а имя внутреннего каталога - /tmp/rtest/.