Я заметил, что мне нужно использовать kapt вместо annotationProcessor, чтобы Dagger 2 работал правильно в моем проекте Kotlin. Должен ли я делать то же самое со всеми библиотеками (в частности, Glide и Room)?





Да, рекомендуется это сделать. В документации указано:
If you previously used the Android support for annotation processors, replace usages of the
annotationProcessorconfiguration withkapt. If your project contains Java classes,kaptwill also take care of them.