Доступ к блоку данных файла hdf5 с использованием таблиц, а не h5py
Я добился определенных успехов в чтении файлов hdf5, созданных из MSC/Nastran, с использованием как h5py, так и таблиц. Теперь я пытаюсь сделать то же самое с файлом, созданным Simcenter/Nastran, и у меня возникают проблемы, поскольку в именах блоков данных есть двоеточие.
Этот синтаксис работает с использованием h5py:
hf=h5py.File(‘solidbeam-3prtfem-sol101.hdf','r')
myElm=hf['model']['geom2:elem_data']['geom2_chexa']
Обычно я пробовал следующее для таблиц:
hft=tables.open_file(‘solidbeam-3prtfem-sol101.hdf','r')
myElmTable=hft/model/geom2:elem_data/geom2_chexa
Символ : в geom2:elem не работает.
Следующий синтаксис работает и печатает имена элементов следующим образом:
for obj in hft:
print obj
/model/geom2:elem_data/geom2_chexa (Table(40,))
Есть ли у вас какие-либо советы о том, как следует ссылаться на этот блок данных в таблицах?
Любая помощь будет оценена.
Ответы 1
Как отметил @hpaulj, имена переменных не могут содержать специальные символы (например, -, :, + и т. д.). Ваш метод PyTables (он же таблицы) для доступа к объектам называется «естественным именованием». В PyTables есть метод .get_node(), позволяющий обойти это ограничение, и он будет работать с этими именами объектов. Примечание. Если имя объекта содержит специальные символы, PyTables выдаст предупреждение о том, что вы не можете получить доступ к этому объекту с «естественным именем» (как вы уже обнаружили). Это просто предупреждение.
Модифицированный код для PyTables сверху:
hft = tables.open_file('solidbeam-3prtfem-sol101.hdf','r')
myElmTable = hft.get_node('/model/geom2:elem_data/geom2_chexa')
Кроме того, я предлагаю использовать контекстный менеджер Python для открытия файлов. Таким образом, файл закрывается автоматически при выходе из этого блока кода. Пример:
import tables as tb
with tb.open_file('solidbeam-3prtfem-sol101.hdf','r') as hft:
myElmTable = hft.get_node('/model/geom2:elem_data/geom2_chexa')
Спасибо. Это решило мою проблему. Я пытаюсь дать обратную связь разработчикам приложения, генерирующего h5, чтобы они изменили свое имя для поддержки естественного именования, но пока безрезультатно.
Рад, что это помогло. Пожалуйста, отметьте как принятое, если оно ответило на ваш вопрос. Метод get_node() — лучший вариант. Я перестал использовать естественную процедуру именования после того, как обнаружил get_node(). Вы можете использовать его при циклическом переборе наборов данных, и это упрощает преобразование кода между таблицами pytables и h5py. Удачи!
Версия h5py работает, потому что в строке ключа dict можно использовать специальные символы. Но имена, используемые как имена переменных или атрибуты, не могут их иметь. Я больше знаком с h5py, чем с таблицами.