Dplyr и tidyverse - корреляция между шаблоном переменных (та же переменная VAR1_time1 и VAR1_time2)

Я начал эту тему на Проверка кода и попросил кросспостинга, потому что (по сравнению со StackOverflow) в Code Review мало пользователей dplyr и тидиверс. Пожалуйста, не стесняйтесь закрывать эту тему, если она не подходит этому сообществу! Но если все в порядке, взгляните на этот набор данных. Знаки «a» и «b» используются для того, чтобы можно было различить, когда измерялась одна и та же переменная. В этом случае X1a и X1b обращаются к одной и той же переменной, но «a» было (предположим…) в прошлом году, а «b» было в этом году.

Dplyr и tidyverse - корреляция между шаблоном переменных (та же переменная VAR1_time1 и VAR1_time2)

У меня конкретная цель! Я хочу соотнести «а» и «б» и построить график. Ось X имеет имя переменной (1, 2, 3 и т. д.), А ось Y - результат корреляции. Dplyr и tidyverse - корреляция между шаблоном переменных (та же переменная VAR1_time1 и VAR1_time2)

Поддельные данные, которые я создал, чтобы помочь мне прояснить этот вопрос, и код, который я разработал, следующие:

 all_items <- data.frame("1a" = sample(1:5), 
                            "2a" = sample(1:5),
                            "3a" = sample(1:5),
                            "1b" = sample(1:5),
                            "2b" = sample(1:5),
                            "3b" = rep(sample(1:5),10))


    #matrix with correlation
    all_correlation <- cor(all_items, method = "spearman") %>% 
      as.data.frame()

    #filter
    all_correlation <- all_correlation %>% select(-c(ends_with("a"))) #columns

    #create a colum with the now name
    all_correlation <- all_correlation %>% 
      mutate(item = row.names(.)) %>% select(item, everything())

    #supress some rows
    all_correlation <- all_correlation %>%  filter(!grepl("b", item))

    #filter(stringr::str_detect(row.names(.), "b"))
    #get only the diagonal
    all_correlation <- data.frame(item=1:3,Result=diag(as.matrix(all_correlation[, -1])))

    #P Value
    all_correlation_p_value <- Hmisc::rcorr(as.matrix(all_items))$P %>% as.data.frame()

    #filter
    all_correlation_p_value <- all_correlation_p_value %>% select(-c(ends_with("a")))
    all_correlation_p_value <- all_correlation_p_value %>% mutate(item = row.names(.)) %>% select(item, everything())
    all_correlation_p_value <- all_correlation_p_value %>%  filter(!grepl("b", item))
    all_correlation_p_value <- data.frame(item=1:3,P_Valor=diag(as.matrix(all_correlation_p_value[, -1])))

    #General table with the correlation  results
    all_correlation <- right_join(all_correlation,all_correlation_p_value, by = "item")


#Plot
ggplot(all_correlation, aes(x=item, y=Result)) + 
  geom_point(aes(color=Result)) +
  geom_line() +
  annotate("text", x = all_correlation$item, 
           y=all_correlation$Result, 
           label = paste("P-value  = ",round(all_correlation$P_Valor,3)), hjust = -0.1, colour = "red") +
  scale_x_continuous(breaks = seq(1,3,1)) 

Спасибо.

насколько я понимаю, на вопрос, который вы указали, есть принятый ответ?

tjebo 25.11.2018 22:22

@Tjebo, да! Спасибо. Я буду обновлять

Luis 26.11.2018 14:50
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
2
194
1

Ответы 1

У меня есть ответ по обзор кода, и я помещаю его здесь, чтобы каждый мог получить к нему доступ. Кредиты на Flodel

Вот два возможных варианта переписывания. Для первого обратите внимание, как Hmisc::rcorr уже вычисляет матрицы correlations ($r) и p-values ($P), чтобы вы могли основывать всю свою работу на них, при условии, что вы извлекаете строки прав (a_vars) и столбцы (b_vars) и сохраняете только диагональные значения:

correlations <- rcorr(as.matrix(all_items), type = "spearman")
a_vars <- ends_with("a", vars = names(all_items))
b_vars <- ends_with("b", vars = names(all_items))
all_correlation <- data.frame(
  item    = seq_along(a_vars),
  Result  = diag(correlations$r[a_vars, b_vars]),
  P_Valor = diag(correlations$P[a_vars, b_vars])
)

Что мне не очень нравится в этом подходе, так это то, что он использует только 3 из 36 корреляций, вычисленных rcorr. В этом втором подходе я начинаю с разделения данных на две таблицы (одну для a и одну для b), чтобы вычислить только 3 корреляции через Map. Я также переключился с rcorr на базовый cor.test, который имеет (IMO) более интуитивно понятное поведение: при задании двух векторов в качестве входных данных он вычисляет одну корреляцию, а не четыре.

a <- all_items %>% select(ends_with("a"))
b <- all_items %>% select(ends_with("b"))
cor_test <- Map(cor.test, a, b)
all_correlation <- data.frame(
  item    = seq_along(a),
  Result  = sapply(cor_test, `[[`, "estimate"),
  P_Valor = sapply(cor_test, `[[`, "p.value")
)

Другие вопросы по теме