Итак, я следую стандартному стилю Ubuntu размещение доменов на сервере LAMP, и, согласно широко доступным знаниям, для каждого размещаемого домена я должен создать файл с тем же именем, но с .conf в качестве расширения, внутри следующего каталога.
/etc/apache2/sites-available
Поэтому, если мне нужно разместить example.com, я буду создавать файл example.conf со всеми директивами Apache для этого конкретного домена. Пока все хорошо, теперь, если мне нужно разместить дополнительный домен с тем же именем, но с другим расширением, скажем, example.org, что мне делать?
Одно из решений, которое приходит мне в голову, - добавить конфигурацию виртуального хоста в тот же файл под предыдущим кодом, так что это путь или есть какой-то «правильный» способ?

Вы создаете свой виртуальный хост с помощью fqdn, например, example.com.conf и example.org.conf
Для будущих гуглеров, если вы перемещаете сайт, настроенный с
.conf, на.[extension].conf, не забудьте сначала отключить предыдущую конфигурацию, выполнивa2dissite xyz.conf.