Hibernate 6.4 отменяет ограничение @SoftDelete для получения всех записей

Вы можете попробовать аннотацию @SQLSelect для связанной сущности.

@Entity
@Table(name = "table_name1")
public class TableName1{
    ..............

    @JoinColumn(name = "tb2_id", referencedColumnName = "id")
    @ManyToOne(optional = false)
    private TableName2 tableName2;
}

@Entity
@Table(name = "table_name2")
@SQLSelect(sql = "SELECT * from table_name2 WHERE id = ?") // <-- This part is the solution
public class TableName2{
............
}

Интересно, что эта аннотация не влияет на ваши методы поиска, но ваши отношения начнут использовать аннотированный SQL.