Htmlspecialchars в массиве массивов не работает

Вы не перебираете нужный объект и не создаете внутренний массив.

Замените строки:

if ( is_array($key)){
    foreach($key as $key2 => $value2)
        $clean[$key2] = htmlspecialchars( $value2, ENT_QUOTES);

с участием

if ( is_array($value)){
    foreach($value as $key2 => $value2) {
        if (!isset($clean[$key])) $clean[$key] = array();
        $clean[$key][$key2] = htmlspecialchars( $value2, ENT_QUOTES);
    }

И тогда он должен работать нормально.

function sanitizeMyArray($array) {

    array_walk_recursive($array, 'standard');

    return $array;

}

function standard(&$item, $key) {

//You must return this to $item for it to work.
$item =  htmlspecialchars($item, ENT_QUOTES);

return $item;

}

$results = sanitizeMyArray($array);
print_r($results)

Вы можете использовать array_walk_recursive() для экранирования всех данных внутри массива:

// Sample data, you can use $_POST instead or any other array
$array = array(
    [
        'a_key' => '<b>html</b>',
        'b_key' => '<a href = "http://example.com/">another code</a>',
        'c_key' => array('<script>alert(\'Hello\');</script>', 'No code, no change'),
    ],
    [
        'd_key' => '<small>ssup</small>',
        'e_key' => 'stack',
        'f_key' => 'overflow',
    ],
);

// Function to escape the value, you must pass the item by reference using the & operator
function html_escape(&$item){
    $item = htmlspecialchars($item, ENT_QUOTES);
}

// Dump data before escaping
var_dump($array);

// Walk recursively through the array and call our function
array_walk_recursive($array, 'html_escape');

// Dump data after escaping
var_dump($array);

Данные сбрасываются перед побегом

array (size=2)
  0 => 
    array (size=3)
      'a_key' => string '<b>html</b>' (length=11)
      'b_key' => string '<a href = "http://example.com/">another code</a>' (length=46)
      'c_key' => 
        array (size=2)
          0 => string '<script>alert('Hello');</script>' (length=32)
          1 => string 'No code, no change' (length=18)
  1 => 
    array (size=3)
      'd_key' => string '<small>ssup</small>' (length=19)
      'e_key' => string 'stack' (length=5)
      'f_key' => string 'overflow' (length=8)

Данные сбрасываются после побега

array (size=2)
  0 => 
    array (size=3)
      'a_key' => string '<b>html</b>' (length=23)
      'b_key' => string '<a href="http://example.com/">another code</a>' (length=68)
      'c_key' => 
        array (size=2)
          0 => string '<script>alert('Hello');</script>' (length=54)
          1 => string 'No code, no change' (length=18)
  1 => 
    array (size=3)
      'd_key' => string '<small>ssup</small>' (length=31)
      'e_key' => string 'stack' (length=5)
      'f_key' => string 'overflow' (length=8)

Документация для array_walk_recursive()