Можно ли разработать подключаемый модуль для Internet Explorer, который сможет заменить существующие функции избранного?





Абсолютно, однако, это в некоторой степени зависит от того, что вы ожидаете от слова «замена». Вы можете разработать расширение для предоставления нового набора меню или раскрывающейся панели инструментов, например, Панель инструментов Google Bookmarks или Вкусная панель инструментов и боковая панель. В любом случае, эти IMO намного лучше подходят для управления закладками, чем встроенное меню IE. Однако вы могли бы создать структуру меню верхнего уровня, которая работала бы точно так же, как меню избранного IE, если хотите. Существует множество библиотек, которые можно использовать даже для интеграции с IE.
Я не знаю, на каком языке вы разрабатываете, но есть несколько примеров библиотек, которые упрощают надстройки IE (для .NET существует множество других для других языков):
http://www.add-in-express.com/programming-internet-explorer/
http://www.ssware.com/ezshell/ezshell.htm
также несколько статей для создания собственных с нуля:
http://www.codeproject.com/kb/applications/codeprojectsearchbar.aspx
http://www.codeproject.com/KB/atl/rbdeskband.aspx
Это должно вас подтолкнуть.