Интеграция библиотеки TPOT autoML в контейнер Docker из rocker/r-ver:X.X.X

Я хотел бы встроить библиотеку TPOT autoML в контейнер Docker из rocker/r-ver:4.1.0. Чтобы воплотить мечту, я воспользовался пакетом R reticulate. Этот проект вдохновил меня на создание Dockerfile. Однако он не работает в среде R.

На мой взгляд, некоторые зависимости Debian отсутствуют. Я добавил libstdc++6 или gcc, но это тоже не работает. У кого-нибудь есть идея? Большое спасибо.

основной.R

X_train <- iris[,-5]
y_train <- iris$Species

tpot <- reticulate::import("tpot")
tp <- tpot$TPOTClassifier(generations = 1)
fit <- tp$fit(X_train, y_train)

score <- fit$predict(X_train)
print(score)

Докерфайл

FROM rocker/r-ver:4.1.0

RUN R -q -e 'install.packages("remotes")'
RUN R -q -e 'remotes::install_github("rstudio/reticulate", upgrade = "never")'
RUN R -q -e 'reticulate::install_miniconda()'
RUN R -q -e 'reticulate::conda_install("r-reticulate", c("python=3.8.13", "numpy<1.24"))'
RUN R -q -e 'reticulate::conda_install("r-reticulate", "tpot", pip = TRUE)'

COPY main.R main.R

CMD ["Rscript", "main.R"]

Соберите и запустите образ Docker:

sudo docker build --no-cache -t tpot-demo .
sudo docker run tpot-demo

Какую конкретную ошибку вы получаете?

— 06.02.2023 22:43

Ну вот я запустил новый контейнер и получаю *** caught segfault *** address (nil), cause 'unknown'

— 07.02.2023 08:26

могу воспроизвести эту ошибку, и иногда я получаю еще один Segfault, связанный с C. Распределение памяти в виртуальных средах и контейнерах может быть сложным, возможно, попробуйте снизить уровень абстракции (например, используя python непосредственно в докере).

— 07.02.2023 14:42

Идея состоит в том, чтобы встроить TPOT autoML в Rscript. Я пробовал reticulate::source_python() но получил аналогичный результат. Тем не менее, библиотека хорошо работает с использованием собственного Python, как в примере, указанном в описании.

— 07.02.2023 16:49

на моей машине TPOT также отлично работает, используя reticulate, но не из докера

— 07.02.2023 17:48

r docker dockerfile tpot

31.01.2023 13:48

Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Этот Dockerfile работает для меня. Ты?

FROM rocker/tidyverse

WORKDIR /tpot_test

RUN apt-get -y update
RUN apt-get -y upgrade
RUN apt-get -y install git

RUN R -e "install.packages('reticulate')"
RUN R -e "reticulate::install_python()"
RUN R -e "reticulate::install_miniconda()"

RUN R -q -e 'install.packages("remotes")'
RUN R -q -e 'reticulate::conda_install("r-reticulate", c("python=3.8.13", "numpy<1.24"))'
RUN R -q -e 'reticulate::conda_install("r-reticulate", "tpot", pip = TRUE)'

COPY main.R main.R

CMD ["Rscript", "main.R"]

Я не знаю, какое изменение помогло. Возможно, вы используете образ rocker/tidyverse, чтобы установить devtools?

Я всегда ставил WORKDIR и заметил, что ты этого не сделал. Возможно, что?

Общий совет заключается в том, что docker exec — отличный инструмент для отладки Dockerfiles. Вы можете начать с базового образа (т.

Вот результат:

/root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/python3.8/site-packages/tpot/builtins/__init__.py:36: UserWarning: Warning: optional dependency `torch` is not available. - skipping import of NN models.
  warnings.warn("Warning: optional dependency `torch` is not available. - skipping import of NN models.")
  [1] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
  [6] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [11] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [16] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [21] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [26] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [31] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [36] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [41] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [46] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"
 [51] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [56] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [61] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [66] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [71] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [76] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [81] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "virginica"  "versicolor"
 [86] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [91] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
 [96] "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor" "versicolor"
[101] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[106] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[111] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[116] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[121] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[126] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[131] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "versicolor" "virginica"
[136] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[141] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"
[146] "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"  "virginica"

После многих попыток лучший способ запустить TPOT в Docker со средой R — это переключиться на FROM rocker/tidyverse. Хорошая работа Артур!

— 11.02.2023 12:08

07.02.2023 21:36