Используя @Qualifier + @Bean (autowire = Autowire.BY_TYPE) в javaConfig

Недостаточно указывать разные атрибуты name в каждом методе @Bean. Вам следует подумать о том, чтобы пометить один из bean-компонентов как @Primary:

@Primary
@Bean(name = "address")
public Address addressAgain() {
    return new Address("See You");
}

А остальные оставьте без:

@Bean(name = "addr1")
public Address address() {      
    return new Address("Hello","hi", 112233);
}

Обратите внимание, что вам не нужно добавлять аннотацию @Qualifier("addr1") в метод employee(), чтобы иметь возможность автоматически подключать bean-компонент addr1. Spring уже знает экземпляр bean-компонента Address, на который вы ссылаетесь при установке зависимости от метода @Bean: address().

Так что достаточно:

@Bean(name = "emp", autowire = Autowire.BY_TYPE)
public Employee employee() {
    Employee e = new Employee();
    e.setName("Raghu");
    e.setAddress(address());
    return e;
}