Извлечение подэлементов из матрицы в Python

Если вы храните матрицу так:

matrix = [ [0, 0, 0, 138], [0, 8, 0, 0], ... ]

Тогда ваша работа довольно проста:

result = []
for i in idx:
    row = matrix[i]
    for j in range(len(row)):
        if row[j] == 138:
            result.append((i, j))
return result

Поскольку вы используете numpy, вам следует попробовать сделать это в векторизованном виде:

import numpy as np

A = np.array([[0, 0, 0, 138],
              [0, 8, 0, 0],
              [0, 1, 0, 0],
              [131, 0, 0, 138],
              [0, 0, 138, 0],
              [0, 0, 0, 0],
              [0, 115, 0, 8]])

idx = np.array([2, 4, 5])

match = np.argwhere(A == 138)
res = match[np.in1d(match[:, 0], idx)]

# array([[4, 2]], dtype=int64)

Используйте индексы строк непосредственно на A, а затем найдите 138:

>>> import numpy as np
>>> 
>>> A = np.array([[0, 0, 0, 138],
...               [0, 8, 0, 0],
...               [0, 1, 0, 0],
...               [131, 0, 0, 138],
...               [0, 0, 138, 0],
...               [0, 0, 0, 0],
...               [0, 115, 0, 8]])
>>> 
>>> idx = np.array([2, 4, 5])
>>> 
>>> y, x = np.where(A[idx]==138)
>>> y = idx[y]
>>> y, x
(array([4]), array([2]))