Извлеките определенные значения из таблицы excel/csv, чтобы сформировать другую таблицу в Python

У меня есть лист excel с таблицей ниже.

Sort,Realm,Subrealm,Kingdom,Subkingdom,Phylum,Subphylum,Class,Subclass,Order,Suborder,Family
1,,,Virus,,Negarnaviricota,Haploviricotina,Chunqiuviricetes,,Muvirales,,Qinviridae
2,,,Virus,,Negarnaviricota,Haploviricotina,Milneviricetes,,Serpentovirales,,Aspiviridae
3,,,Virus,,Negarnaviricota,Haploviricotina,Monjiviricetes,,Jingchuvirales,,Chuviridae
4,,,Virus,,Negarnaviricota,Polyploviricotina,Ellioviricetes,,Bunyavirales,,Phasmaviridae
5,,,Virus,,,,,,Caudovirales,,Ackermannviridae
6,,,Virus,,,,,,Caudovirales,,Myoviridae
7,,,Virus,,,,,,Caudovirales,,Siphoviridae

Я хотел бы извлечь данные в ожидаемом формате результата.

Sort,Name,Rank,Parent
1,Negarnaviricota,Phylum,Virus
1,Haploviricotina,Subphylum,Negarnaviricota
4,Polyploviricotina,Subphylum,Negarnaviricota
1,Chunqiuviricetes,Class,Haploviricotina
2,Milneviricetes,Class,Haploviricotina
3,Monjiviricetes,Class,Haploviricotina
4,Ellioviricetes,Class,Polyploviricotina
1,Muvirales,Order,Chunqiuviricetes
2,Serpentovirales,Order,Milneviricetes
3,Jingchuvirales,Order,Monjiviricetes
4,Bunyavirales,Order,Ellioviricetes
5,Caudovirales,Order,Virus
1,Qinviridae,Family,Muvirales
2,Aspiviridae,Family,Serpentovirales
3,Chuviridae,Family,Jingchuvirales
4,Phasmaviridae,Family,Bunyavirales
5,Ackermannviridae,Family,Caudovirales
6,Myoviridae,Family,Caudovirales
7,Siphoviridae,Family,Caudovirales

Описание извлеченных столбцов:

Сортировка — число, связанное с извлекаемым уникальным именем.
Имя — уникальные имена из каждого столбца, у которого есть имя.
Ранг — заголовок столбца, из которого извлечено имя.
Parent — последнее непустое значение в предыдущих ячейках

first_row = ['Realm', 'Subrealm', 'Kingdom', 'Subkingdom', 'Phylum', 'Subphylum', 'Class', 'Subclass', 'Order', 'Suborder', 'Family', 'Subfamily', 'Genus', 'Subgenus', 'Species']

df1 = pd.read_csv('ictv-msl-2018-v1.csv', index_col='Sort')
print('Writing to CSV File')
with open('dp1.csv', 'w', newline = "") as tbl_writer1:
    c2 = csv.writer(tbl_writer1)
    c2.writerow(['Name', 'Rank'])
    for list_item in first_row:
        for item in df1[list_item].unique():
            row_content = [item, list_item]
            c2.writerow(row_content)

with open('ictv-msl-2018-v1.csv', 'r',) as inp1, open('dp1.csv', 'r') as inp2, open('dp2.csv', 'w', newline = "") as out1:
    msl_tbl = csv.DictReader(inp1)
    tbl_data = list(msl_tbl)
    c3 = csv.writer(out1)
    for row in csv.reader(inp2):
        if row[0] != 'nan':
            c3.writerow(row)
        else:
            print('Deleted Row:', row)

df2 = pd.read_csv('dp2.csv')
print(tbl_data[0]['Species'])
print(len(df2), len(df2.columns))
for i in range(len(df2)):
    for j in range(len(df2.columns)):
        print(df2.get_values()[i][j], i, j)

Может кто-нибудь посоветовать, как я могу извлечь все четыре столбца ниже? Приведенный выше код извлекает только Name,Rank.

Sort,Name,Rank,Parent

Какой результат вы получаете или ошибки, если они есть? Насколько нам известно, ваш код работает... вы не задали вопрос. Предоставьте всю информацию о проблеме.

— 30.01.2019 05:29

Вывод моего кода в настоящее время печатает только Name,Rank. Я хотел бы напечатать все четыре столбца Sort,Name,Rank,Parent. Надеюсь это поможет. Я также обновил вопрос для большей ясности

— 30.01.2019 05:49

python csv

30.01.2019 03:13

Почему в Python есть оператор "pass"?

Оператор pass в Python - это простая концепция, которую могут быстро освоить даже новички без опыта программирования.

Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python

Python - самый известный и самый простой в изучении язык в наши дни. Имея широкий спектр применения в области машинного обучения, Data Science,...

Основы Python Часть I

Вы когда-нибудь задумывались, почему в программах на Python вы видите приведенный ниже код?

LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа

Алиса и Боб имеют неориентированный граф из n узлов и трех типов ребер:

Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python

И последнее, что мы хотели бы показать вам, прежде чем двигаться дальше, это

Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python

Как веб-разработчик, Python может стать мощным инструментом для создания эффективных и масштабируемых веб-приложений.

244

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Используя исходные входные данные как input.csv:

import csv

with open('input.csv',newline='') as fin:
        r = csv.reader(fin)
        header = next(r)
        names = {}
        for row in r:
            parent = None
            for idx,content in enumerate(row):
                if idx == 0:                   # First column is sort.
                    sort = content
                    continue
                if not content:                # Skip blanks.
                    continue
                if parent is None:             # Record the first non-blank content as parent.
                    parent = content
                    continue

                # Remaining content is names.
                # Record name the first time it is seen,
                # then update parent.
                data = sort,content,header[idx],parent
                if content not in names:
                    names[content] = data
                parent = content

def sortkey(data):
    sort,name,rank,parent = data
    return header.index(rank),int(sort)

with open('output.csv','w',newline='') as fout:
    w = csv.writer(fout)
    w.writerow('Sort Name Rank Parent'.split())
    for data in sorted(names.values(),key=sortkey):
        w.writerow(data)

Вывод:

Sort,Name,Rank,Parent
1,Negarnaviricota,Phylum,Virus
1,Haploviricotina,Subphylum,Negarnaviricota
4,Polyploviricotina,Subphylum,Negarnaviricota
1,Chunqiuviricetes,Class,Haploviricotina
2,Milneviricetes,Class,Haploviricotina
3,Monjiviricetes,Class,Haploviricotina
4,Ellioviricetes,Class,Polyploviricotina
1,Muvirales,Order,Chunqiuviricetes
2,Serpentovirales,Order,Milneviricetes
3,Jingchuvirales,Order,Monjiviricetes
4,Bunyavirales,Order,Ellioviricetes
5,Caudovirales,Order,Virus
1,Qinviridae,Family,Muvirales
2,Aspiviridae,Family,Serpentovirales
3,Chuviridae,Family,Jingchuvirales
4,Phasmaviridae,Family,Bunyavirales
5,Ackermannviridae,Family,Caudovirales
6,Myoviridae,Family,Caudovirales
7,Siphoviridae,Family,Caudovirales

Спасибо за помощь. Это прекрасно работает. Вы тоже не использовали панд.

— 30.01.2019 23:38

30.01.2019 06:14