Java ProcessBuilder запускает сценарий оболочки зависает

В вашем случае вы читаете что-то из выходного потока процесса, пока не потребляете все. Затем вы пытаетесь прочитать поток ошибок.

Если процесс записывает значительное количество символов в поток ошибок, другой процесс блокируется до тех пор, пока они не будут использованы. Чтобы одновременно использовать поток ошибок и поток вывода, необходимо использовать потоки.

Вы можете следовать методике StreamGobbler. Вы можете получить некоторые подробности на этой странице: https://www.javaworld.com/article/2071275/when-runtime-exec---won-t.html?page=2

Это код, на который повлияла страница:

public class StreamGobbler extends Thread {
    private static final String EOL = System.lineSeparator();
    private final InputStream inputStream;
    private final StringBuilder output = new StringBuilder();

    public StreamGobbler(InputStream inputStream) {
        this.inputStream = inputStream;
    }

    public void run() {
        try (InputStreamReader inputStreamReader = new InputStreamReader(inputStream);
             BufferedReader reader = new BufferedReader(inputStreamReader);
        ) {
            String line;
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                output.append(line);
                output.append(EOL);
            }
        } catch (IOException ioe) {
            ioe.printStackTrace();
        }
    }

    public String getOutput() {
        return output.toString();
    }
}

В вашем коде вы используете StreamGobbler следующим образом:

    StreamGobbler outputGobbler = new StreamGobbler(process.getInputStream());
    StreamGobbler errorGobbler = new StreamGobbler(process.getErrorStream());

    process.waitFor();

    String commandOutput = outputGobbler.getOutput();
    String errorMessage = errorGobbler.getOutput();
    process.destroy();