Как читать набор данных многомерного массива HDF5 с помощью HDF5DotNet из C# .net?

Избавьтесь от серьезной боли (из-за деталей низкоуровневой реализации HDF5) и проверьте HDFql.

Вот решение с использованием HDFql в C# для чтения многомерного (размером 3x3) набора данных с именем dset типа данных double, хранящегося в файле HDF5 с именем test.h5 (предположим, что и файл, и набор данных уже существуют):

// use HDFql namespace (make sure it can be found by the C# compiler)
using AS.HDFql;

public class Test
{
    public static void Main(string []args)
    {
        // declare variables
        double [,]data = new double[3, 3];
        int x;
        int y;

        // select (i.e. read) dataset "dset" from HDF5 file "test.h5" into variable "data"
        HDFql.Execute("SELECT FROM test.h5 dset INTO MEMORY " + HDFql.VariableTransientRegister(data));

        // display content of variable "data"
        for(x = 0; x < 3; x++)
        {
            for(y = 0; y < 3; y++)
            {
                System.Console.WriteLine(data[x, y]);
            }
        }
    }
}

У меня все заработало. Вот мой код ...

    // Reads a 2-dim array of double.
// INPUT:  fileId of open HDF5 file
public static bool  read_double_array( H5FileId fileId, string dataset_name, int dim1, int dim2, ref double [,] output_double_array )
{

    try
    {
        output_double_array = new double[ dim1, dim2 ];
        H5Array<double> h5_array = new H5Array<double>( output_double_array );
        H5DataSetId dataset = H5D.open( fileId, dataset_name);
        H5D.read<double>(   dataset, 
                            new H5DataTypeId(H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE), 
                            h5_array);
    }
    catch( HDFException e )
    {
        Console.WriteLine( e.Message );
        return false;
    }
    return true;
}