Алгоритм

1. Преобразуйте свой array в map со вторым элементом массива в качестве его ключей. Вы можете использовать Массив.уменьшить для этого шага
2. Создайте пустой массив размером, равным size + 1
3. Сопоставьте каждый элемент в вашем массиве, используя Array.map . Если его индекс есть на карте, воссоздайте элемент в предыдущем массиве. В противном случае заполните его слотом "пустой"["", ""]
4. Вызовите функцию, описанную в 3, с помощью size и map, описанных в 1.

Выполнение

// Convert your array to a map
const fillArray = (m, size) => Array(size + 1).fill(0).map((x, idx) => `${idx}` in m ? [m[idx], `${idx}`] : ['', '']);

// Fill the array "in between"
const getArrayMap = arr => arr.reduce((acc, curr) => {
  acc[curr[1]] = curr[0];
  return acc;
}, {});

// Data
const size = 5;
const test = [
  ["qwe", "0"],
  ["ewq", "2"],
  ["aaa", "4"],
];

const filled = fillArray(getArrayMap(test), size);
console.info(filled);

Примечания

• Вы можете оптимизировать это, запустив проверку перед выполнением чего-либо, чтобы проверить, если size - 1 < test.length. Если это так, вам не нужно запускать какую-либо функцию
• Вы можете сделать это более надежным, отфильтровав массив test и удалив все элементы, которые не следуют за "стандартная форма". Например с test.filter(x => x.length === 2)