Как использовать R с Google Colaboratory?
Google Colaboratory поддерживает версии Python 2.7 и 3.6.
Недавно я видел пример использования Swift в Colab.
Сегодня мне довелось побегать
!jupyter-kernelspec list
И нашел новое ядро: IRkernel
Available kernels:
ir /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
python2 /usr/local/share/jupyter/kernels/python2
python3 /usr/local/share/jupyter/kernels/python3
swift /usr/local/share/jupyter/kernels/swift
Можно ли теперь использовать R и в Colab? Нет проблем с установкой ядра R?
Ответы 7
да.
Для нового R-ноутбука используйте эта ссылка. (сокращение colab.to/r )
Вы можете узнать из демонстраций IRkernel, например. demo.ipynb
Сохраните копию на своем Google Диске и внесите необходимые изменения.
еще 2 демо:
- Display.ipynb показывает, как отображать HTML, изображения.
- Comm_Demo.ipynb показывает, как взаимодействовать между R и JavaScript.
Подробнее см. в IRkernel Github.
и как установить библиотеки R?
Просто позвоните в install.packages("wordcloud"), например, чтобы установить библиотеку wordcloud.
Вам нужно переустанавливать пакеты каждый раз, когда вы загружаете ноутбук?
Означает ли этот ответ, что нет способа запустить блокнот R через реальный пользовательский интерфейс, созданный Google, а только способ, который включает заклинание секретной строки запроса?
@ Натан Точно. ?
Если вы хотите использовать Python и R вместе, вы можете использовать магию R для некоторых ячеек.
# activate R magic
%load_ext rpy2.ipython
Затем, всякий раз, когда вы хотите использовать R, вы начинаете ячейку с %%R.
%%R
x <- 42
print(x)
Подробнее в документация rpy2
вам не нужно запускать import rpy2, достаточно запустить магию load_ext
ок, тогда сниму
Я полностью понимаю, что использование волшебных команд лучше, чем вообще отсутствие вариантов, но вы должны признать, что если вы хотите использовать R во всей записной книжке, это своего рода безумие, что нам пришлось бы добавлять %%R сверху над каждым отдельным кодировать ячейку одну за другой.
Этот ответ хорош только в том случае, если вы хотите добавить немного R в блокнот Python. Если вы пишете в основном на R, используйте мой первый ответ выше.
Также у меня возникают проблемы с установкой пакетов с использованием этого метода в Colab. Я хотел установить один пакет, вызвать одну функцию из этого пакета и затем работать с результатами в Python. Для некоторых пакетов работает, для некоторых нет. Я получаю ошибки с зависимостями, например installation of package ‘Rmpfr’ had non-zero exit status
Откройте эту ссылку в браузере, чтобы создать новую записную книжку с R Kernel.
https://colab.research.google.com/notebook#create=true&language=r
Обновление: это больше не работает (июль 2020 г.).
Приведенная выше ссылка на ответы выше ведет непосредственно к блокноту R, там у вас есть возможность переключения между R или python. Странно, что Google меняет сервисы именно так. Следовательно, stackoverflow не является отличной платформой для продвижения инструментов, созданных компаниями, занимающимися получением прибыли / продажей данных.
Старый ответ:
На данный момент, если вы нажмете на Runtime в строке меню, а затем выберите Change Runtime Type, вы можете выбрать между R или Python.
Когда мы нажимаем «Изменить тип среды выполнения» в новом блокноте, мы просто можем изменить параметр «Аппаратное ускорение». Какие-либо предложения?
Похоже, Google удалил возможность изменить ядро. Позвольте мне покопаться и вернуться к этому.
Большое спасибо. Кажется, Google заставляет нас использовать python в google colab.
Чтобы расширить предыдущий ответ, вот как вы можете перемещать кадры данных между ядрами R и Python, чтобы вы могли работать с обоими в одном блокноте (например, если вы хотите загрузить данные с помощью Pandas, обработайте их с помощью пакета R, а затем нарисуйте его с боке).
# Pandas dataframe to R data frame
!pip3 install rpy2
%load_ext rpy2.ipython
%R -i df
# R data frame to Pandas dataframe
%R seq.data <- read.delim('sequence.index', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
seq_data = %R seq.data
*****Работает с пятницы 13 ноября 2020 г.
Перейдите по этому URL-адресу https://colab.to/r, пока вы вошли в colab, и это должно сработать.
Вы можете проверить, есть ли R в среде выполнения -> Изменить тип среды выполнения, но он уже должен быть настроен.
Чтобы смонтировать гугл диск:
install.packages("googledrive")
library("googledrive")
if (file.exists("/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/google/colab/_ipython.py")){
install.packages("R.utils")
library("R.utils")
library("httr")
my_check <- function() {return(TRUE)}
reassignInPackage("is_interactive", pkgName = "httr", my_check)
options(rlang_interactive=TRUE)
}
И аутентифицировать гугл диск
drive_auth(use_oob = TRUE, cache = TRUE)
Я только что попробовал, и это работает. Однако я все еще не могу смонтировать свой диск. После реализации кода на левой панели появляется значок диска «подключить диск», но при нажатии на него в левом нижнем углу отображается уведомление о том, что «подключение вашего диска Google доступно только в размещенных средах выполнения Python». Я не знаю, есть ли обходной путь, это будет очень полезно
Привет, @Nosey, не могли бы вы подробнее рассказать об этапе монтирования диска? Вы все еще можете получить URL-адрес для получения кода аутентификации? он возвращает «Ошибка: не удается получить учетные данные Google. Вы используете googledrive в неинтерактивном сеансе?». Я не вижу никакого значка «смонтировать диск», упомянутого MTerry...
@hamagust, может быть, посмотреть, существует ли этот файл? Мой каталог python 3.6 пуст, у python 3.7 есть этот путь. Он устанавливает библиотеки, если я меняю 3.6 на 3.7, но не могу найти свои файлы. Я думаю, что ответ лежит здесь. Я вернусь, когда у меня будет время. Пожалуйста, дайте нам знать, если вы решите.
Еще один быстрый способ — заменить postix, .ipynb в заголовке colab на .r
.
Пример: измените имя Untitled.ipynb на Untitled.r, и все отлично заработает!
Я только что попытался сделать это с работающим блокнотом .ipynb, и это не помогло... Должна ли среда выполнения меняться автоматически?
Таким образом, нужно использовать это каждый раз, когда вы хотите запустить R в Google Colab ?! Запуск возвращает некоторое предупреждение (о неавторизованных Google). Это безопасно?