Как исправить, что бот discord.js-commando отвечает на неизвестные команды

Это был правильный способ сделать это до 18 января: они решили сделать ответы бота «неизвестная команда» и «ошибка» переопределяемыми, разрешив пользовательские команды, которые будут выполняться вместо них.
Это изменение может быть еще недостаточно задокументировано, но оно было перенесено в ветку master с этот коммит пользователем Gawdl3y. Эта тема взята из Эта проблема, а также указана в столбце "Готово" проекта "Важные вещи" [ссылка на сайт].

Если вы хотите, чтобы он работал как раньше, вам нужно будет использовать предыдущую версию; вы не сможете обновить библиотеку, чтобы добавить новые функции, не обновив и эту часть кода.

С этим обновлением вы можете создать новую команду, расширив класс Command (как обычно), а затем добавив два свойства, установленные для true: unknown и hidden.
Если вам нужен пример, вы можете посмотреть непосредственно на unknown-command по умолчанию автором изменения:

module.exports = class UnknownCommandCommand extends Command {
  constructor(client) {
    super(client, {
      name: 'unknown-command',
      group: 'util',
      memberName: 'unknown-command',
      description: 'Displays help information for when an unknown command is used.',
      examples: ['unknown-command kickeverybodyever'],
      unknown: true,
      hidden: true
    });
  }

  run(msg) {
    return msg.reply(
      `Unknown command. Use ${msg.anyUsage(
                'help',
                msg.guild ? undefined : null,
                msg.guild ? undefined : null
            )} to view the command list.`
    );
  }
};

Не забудьте не загружать значение по умолчанию unknown-command: оно будет загружено по умолчанию с помощью CommandoRegistry.registerDefaultCommands(), если вы явно не укажете ему не делать этого.
Чтобы избежать этого, добавьте unknownCommand: false к параметрам при загрузке этих команд.

client.registry.registerDefaultCommands({
  unknownCommand: false
});