Как изменить результат в массиве?

Вы можете подойти к этому следующим образом

public function countByKecamatan(){
  $kecamatan = $this->db->query("SELECT IDKecamatan, NamaKecamatan FROM mskecamatan ORDER BY NamaKecamatan ASC")->result_array();
  $i = 0;
  foreach ($kecamatan as $keykecamatan) {
    $result = $this->MsLaporan->dataNullByKecamatan($dateStart, $dateEnd, $kategori, $keykecamatan['IDKecamatan']);
    if ($result == NULL) {
    $row = array(
          "NamaKecamatan" => $keykecamatan['NamaKecamatan'], 
          "total" => 0, 
          "laki" => 0, 
          "cewe" => 0, 
        );
  }else{
    $row = $result[0];
  }
  ($i > 0) ? ($data[] = $row) : ($data = array('data' => $row));
  $i++;
 }
echo json_encode($data);
}

$data = '[{"data":{"NamaKecamatan":"BEJI","total":"2","laki":"1","cewe":"1"}},
{"data":{"NamaKecamatan":"BOJONGSARI","total":0,"laki":0,"cewe":0}},
{"data":{"NamaKecamatan":"CILODONG","total":"2","laki":"1","cewe":"1"}},
{"data":{"NamaKecamatan":"CIMANGGIS","total":"4","laki":"2","cewe":"2"}}]';

$array_data = json_decode($data, ture);

$result = [];

foreach($array_data as $item) {
    $result['data'][] = $item['data'];
}

return json_encode($result);

Вывод, который вы получаете, сводится к двум незначительным проблемам в строках...

    $data = array(
         "data" => $row,
       );
    echo json_encode($data);

Во-первых, вы строите массив с дополнительным уровнем, который, как вы говорите, хотите удалить. Затем вторая строка кода выводит каждый фрагмент данных по одному. Вам нужно создать список всех записей, а затем вернуть полные данные за один раз.

public function countByKecamatan(){
  // Create empty array for data
  $data = [];
  $kecamatan = $this->db->query("SELECT IDKecamatan, NamaKecamatan FROM mskecamatan ORDER BY NamaKecamatan ASC")->result_array();
  foreach ($kecamatan as $keykecamatan) {
    $result = $this->MsLaporan->dataNullByKecamatan($dateStart, $dateEnd, $kategori, $keykecamatan['IDKecamatan']);
      if ($result == NULL) {
          $row = array(
              "NamaKecamatan" => $keykecamatan['NamaKecamatan'], 
              "total" => 0, 
              "laki" => 0, 
              "cewe" => 0, 
            );
      }else{
          $row = $result[0];
      }
      // Add new row of data to data to be returned
      $data[] = $row;
   }
   // Return all of the data in JSON format
   return json_encode($data);
}

Обратите внимание, что это возвращает значение, а не повторяет его - вам может потребоваться изменить это, если при вызове контроллера вашей среде необходимо кодировать его каким-то другим способом (например, как часть объекта Response).