Как изменить цвет текста ввода, если он пустой, отправить с помощью php и javascript?

Почему бы вам не попробовать вместо этого просто HTML5? Например:

<style>
    .was-validated input:invalid {
        border: 1px solid red;
    }
</style>

<script>
    // Bootstrap code
    // Example starter JavaScript for disabling form submissions if there are invalid fields
    (function () {
        'use strict';
        window.addEventListener( 'load', function () {
            // Fetch all the forms we want to apply custom Bootstrap validation styles to
            var forms = document.getElementsByClassName( 'needs-validation' );
            // Loop over them and prevent submission
            var validation = Array.prototype.filter.call( forms, function ( form ) {
                form.addEventListener( 'submit', function ( event ) {
                    if ( form.checkValidity() === false ) {
                        event.preventDefault();
                        event.stopPropagation();
                    }

                    form.classList.add( 'was-validated' );
                }, false );
            } );
        }, false );
    })();
</script>

<form method = "post" action = "login.php" class = "needs-validation" novalidate>
    <input type = "email" id = "email" name = "email" placeholder = "Email" required />
    <br />
    <input type = "submit" />
</form>

Но если вы все равно хотите использовать PHP, я не вижу причин использовать Javascript.

index.php

<?php
session_start();

$error_border = '';
if ( isset( $_SESSION[ 'error' ] ) ) {
    $error_border = ' style = "border: 1px solid red;"';
}

unset ( $_SESSION[ 'error' ] );
?>

    <form method = "post" action = "login.php">
        <input type = "email" id = "email" name = "email" placeholder = "Email"<?php echo $error_border; ?> />
        <br />
        <input type = "submit" />
    </form>

<?php session_destroy(); ?>

login.php

<?php
session_start(); // resume existing session

$uemail = $_POST[ 'email' ];
if ( empty( $uemail ) ) {
    $_SESSION[ 'error' ] = 1;
    Header( 'Location: index.php' );
    exit;
} else {
    query code....here....
}