Как изменить цвет ячейки таблицы в html

Вы хотели бы сделать это в PHP во время выполнения, а не в JavaScript, как вы намекаете:

Например,

 <?php 
   $backgroundColor = $row['Quantity'] == 0 ? 'red' : 'none';
   echo '<td id = "quantity" style = "background-color: ' . $backgroundColor .'">' . e(($row['Quantity'])) . '</td>';
?>

Используйте class вместо id

<td class = "quantity"><?php echo e(($row['Quantity'])); ?></td>

затем выберите <td> с классом «количество» и оцените их содержание

document.querySelectorAll('td.quantity').forEach(e => {
  if ( Number(e.textContent) < 0)
    e.classList.add('negativeQtty')
})

затем объявите класс css negativeQtty

.negativeQtty {
  background-color: red;
}

Вы можете использовать фоновый класс Bootstrap

<td id = "quantity"class = "p-3 mb-2 bg-primary text-white"><?php echo e(($row['Quantity'])); ?></td>

Это код javascript, если вы хотите использовать javascript.
Нужен звонок с cell из th, тогда дайте cell.innerHTML.

Этот пример

var th = document.querySelectorAll('th')
for (let cell of th) {
  if (cell.innerHTML === '6'){
    cell.style.backgroundColor = 'green'
  }
  if (cell.innerHTML === '0'){
    cell.style.backgroundColor = 'red'
  }
}

table {
  margin-bottom: 1em;
  border-collapse: collapse;
}

td,
th {
  padding: .25em .5em;
  border: 1px solid #333;
  font: .75em "Verdana";
}

<table id = "Table">
  <tbody>
    <tr>
      <th>Data</th>
      <th>Number</th>
      <th>Total</th>
    </tr>
    <tr>
      <th>Product</th>
      <th>0</th>
      <th>6</th>
    </tr>
    <tr>
      <th>Product2</th>
      <th>5</th>
      <th>0</th>
    </tr>
  </tbody>
</table>