Как мне обрабатывать свой динамический флажок с Angular 6

Вы близки, вам просто нужно передать categoriesSelected в this.formBuilder.array() и внести небольшие изменения в разметку. В вашем компоненте:

  constructor(private formBuilder: FormBuilder) {
    this.myGroup = this.formBuilder.group({
      myCategory: this.formBuilder.array(this.categoriesSelected)
    });
  }

Вы можете использовать индекс ngFor для доступа к отдельному массиву categories для маркировки флажков:

<form [formGroup] = "myGroup">
    <div *ngFor = "let category of myGroup.controls['myCategory'].controls; let i = index">
        <input type = "checkbox" [formControl] = "category">
    <label>{{ categories[i].name }}</label>
    </div>
  Selected: <strong>{{ myGroup.get('myCategory').value }}</strong>
</form>

Демо: https://stackblitz.com/edit/angular-vntktv

Динамический флажок с примером Angular

 musicForm: FormGroup;
 musicPreferences = [
 { id: 1, genre: 'Pop' },
 { id: 2, genre: 'Rock' },
 { id: 3, genre: 'Techno' },
 { id: 4, genre: 'Hiphop' }
 ];

 this.musicForm.get('selectAll').valueChanges.subscribe(bool => {
    this.musicForm
      .get('musicPreferences')
      .patchValue(Array(this.musicPreferences.length).fill(bool), { emitEvent: 
 false });
  });
 this.musicForm.get('musicPreferences').valueChanges.subscribe(val => {
  const allSelected = val.every(bool => bool);
  if (this.musicForm.get('selectAll').value !== allSelected) {
    this.musicForm.get('selectAll').patchValue(allSelected, { emitEvent: false 
 });
  }
});


  submit() {
// Filter out the unselected ids
const selectedPreferences = this.musicForm.value.musicPreferences
  .map((checked, index) => checked ? this.musicPreferences[index].id : null)
  .filter(value => value !== null);
// Do something with the result

}

   <form [formGroup] = "musicForm" (ngSubmit) = "submit()">
   <label>
    <input type = "checkbox" formControlName = "selectAll">
 Select/Deselect all
  </label>
  <label formArrayName = "musicPreferences" *ngFor = "let genre of 
   musicForm.controls['musicPreferences'].controls; let i = index">
  <input type = "checkbox" [formControlName] = "i">
  {{musicPreferences[i].genre}}
  </label>

  <button>submit</button>
  </form>