Как мне узнать количество репозиториев для каждого пользователя массива?

Вы можете использовать псевдонимы, чтобы добавить дополнительный запрос user к вашему запросу и построить запрос graphql, программно циклически проходящий по списку пользователей. В проводнике graphql это будет примерно так:

{
  torvalds: user(login: "torvalds") {
    repositories() {
      totalCount
    }
  }
  nelenkov: user(login: "nelenkov") {
    repositories() {
      totalCount
    }
  }
  evilsocket: user(login: "evilsocket") {
    repositories() {
      totalCount
    }
  }
}

Попробуйте в проводнике

Пример использования graphql.js:

var users = [ "torvalds", "nelenkov", "evilsocket"];

var graph = graphql("https://api.github.com/graphql", {
  headers: {
    "Authorization": "Bearer YOUR_ACCESS_TOKEN"
  },
  asJSON: true
});

graph(`
  query {
    ${buildRepoCountFromUsers(users)}
  }
`, {}).then(function(response) {
  console.info(response);
}).catch(function(error) {
  console.info(error);
});

function buildRepoCountFromUsers(users){
  var query = "";
  for (var i = 0; i < users.length; i++){
    query+=` ${users[i]} : user(login: ${users[i]}) {
      repositories() {
        totalCount
      }
    }`;
  }
  return query;
} 

Обратите внимание, что я выбрал здесь логин пользователя в качестве ключа псевдонима, который работает для приведенных здесь примеров, но не будет работать, если логин начинается с числового символа или если логин содержит дефис. В этом случае вы можете использовать что-то вроде user0, user1 и т. д. И получить полевой логин для каждого пользователя.