Как обновить точную строку в таблице с помощью codeigniter

Если вы хотите делать обновления только для ввода ramt[], имеющего непустое значение, вы можете назначить ключ каждому имени входного текста, чтобы идентифицировать его позже:

<table class = "table table-bordered table-striped table-xxs" id = "tb3">
    <thead>
            <tr>
    <th>Loan No</th>
    <th>Party Name</th>
    <th>Coll.Amt</th>
    <th>Rep Amt</th>
    </tr>
    </thead>
    <tbody>
        <?php
        //echo '<pre>';print_r($result2);exit();
        if (!empty($query)){
            foreach($query as $key => $row){ // added $key as index
            ?>
                <tr >
                    <td ><input style = "width:50px" type = "text" class = "form-control input-xs" name = "Sno[<?php echo $key ?>]" id = "Sno" value = "<?=$row['loanno'];?>"></td>

                    <td> <input style = "width:180px" type = "text" class = "form-control input-xs" name = "name[<?php echo $key ?>]" id = "Amount" value = "<?=$row['pname'];?>"></td>

                    <td ><input style = "width:80px" type = "text" class = "form-control input-xs amt" name = "Amount[<?php echo $key ?>]" id = "Bankname" value = "<?=$row['collection_amt'];?>"></td>

                    <td ><input style = "width:80px" type = "text" class = "form-control input-xs ramt" name = "ramt[<?php echo $key ?>]" id = "Chqamt" value = "<?=$row['receive_amt'];?>" autofocus></td>
                </tr>

            <?php
            }
        }?> 
    </tbody>
</table>

И отфильтруйте входные данные в вашей функции batchinsert():

public function batchinsert($data){
    $session_data = $this->session->userdata('logged_in');
    $data['username'] = $session_data['repname'];
    $LDate = $this->input->post('CDate');
    $date = str_replace('/', '-', $LDate);
    $newDate = date("Y-m-d", strtotime($date));
    $lno = $this->input->post("Sno");
    $ramt = $this->input->post("ramt"); // added ramt input variable
    $count = count($data['Sno']);
    $updateArray = array();
    for($x = 0; $x < sizeof($lno); $x++){

        if (!empty($ramt[$x])) { // this will only insert data on loanno which have non-empty ramt values
            $updateArray[] = array(
                'loanno' => $lno[$x],
                'receive_amt'=> $ramt[$x]
            );
        }
    }
    $this->db->where('collection_date',$newDate);
    $this->db->update_batch('collection',$updateArray,'loanno');
    //        $this->db->insert_batch('test', $entries2);
    redirect('Collection_Entry','refresh');
}

Это будет перебирать только непустой ramt[] ввод, а затем обновлять только динамические loanno значения и статическое collection_date значение.

// Example query output : 
// UPDATE `collection`
// SET
// `receive_amt` = 
// CASE 
//     WHEN `loanno` = '1' THEN 1 
//     WHEN `loanno` = '3' THEN 2 
//     WHEN `loanno` = '6' THEN 3 
//     WHEN `loanno` = '17' THEN 4 
//     ELSE `receive_amt`
// END 
// WHERE `collection_date` = '2019/01/09' AND `loanno` IN ('1','3','6','17')