Как организовать мой CSV-файл в Javascript

Ваша проблема не совсем четко определена, мы действительно не знаем, где должен быть конец строки (было бы лучше, если бы каждое значение заканчивалось на ';'). Если мы предположим, что последний столбец может содержать только одно слово, это даст желаемый результат:

const input = `DemandID;ExceptionalFlag;TAG
47 417;"X78 Sos
kopk";Enabled
41 224;"NAnCond
Blap
MOP
nbi
baze";Enabled
65 489;;Direct`;

let result = input.replace(/\n/g, " ").split(''); // collapse the string, split into array 
let counter = 0;
let flag = false;

for (let i=0; i < result.length; i++) { // look at every character in the array
  if (result[i] === ';') counter++       // count the number of ';'
  if (counter === 2) {                   // when the counter reaches 2
    flag = true;
    counter = 0;
  }
  if (flag && result[i] === ' ') {        // replace the next space with \n
    result[i] = '\n';
    flag = false;                         // and reset... 
  }
}

console.info(result.join(''));