Как преобразовать массив php в массив с #?

Возможно, вам не нужен массив 3D Jagged:

var jagged3D= new int[][][]
{
    new  int[][]{
         new int[]{6},
         new int[]{0},
         new int[]{13}
     }
};

Или 2D-зазубрины настраиваемого объекта

var jaggedCustom = new Custom[][] {
    new Custom[]{
        new Custom{
            A =3,
            B =0,
            C = new int[]{13}
        }
    }
};

Но все элементы массива имеют один и тот же тип. Вы можете узнать больше об одномерных массивах, многомерных массивах, зубчатых массивах с Msdn документация. Использование левой панели для навигации.