Как программно закрыть форму InfoPath в C#?

Используйте метод ApplicationClass.XDocuments.Close и передайте ему свой объект документа:

using System;
using Microsoft.Office.Interop.InfoPath;

namespace ConsoleApplication1
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            var app = new ApplicationClass();
            var uri = @".\form1.xml";
            var doc = app.XDocuments.Open(uri, 0);

            app.XDocuments.Close(doc);
        }
    }
}