Как работает child_process в Nodejs

Похоже, проблема здесь в асинхронном выполнении вашего кода. В этом примере вот что происходит:

1. Запустите s3.listObjectsV2() и когда закончите, активируйте обратный вызов (но не сейчас, в будущем)
2. Выполнить сначала exec() и когда закончите, активировать обратный вызов (но не сейчас, в будущем)
3. Запустите второй exec() и когда закончите, активируйте обратный вызов (но не сейчас, в будущем)

И эти три шага запускаются сразу, один за другим. И у каждого из них есть свой обратный вызов, который запускает в будущем. Хорошо, но когда будущее? - точно! Вы не знаете. В вашем случае, вероятно, эти два обратных вызова в exec() запускаются до обратного вызова из s3, и поэтому он не работает.

Решение здесь состоит в том, чтобы убедиться, что эти exec() запускаются после s3.listObjects. Таким образом, у вас есть два варианта: сначала сделать обещание из s3, например: s3.listObjectsV2(params).promise() и await для этого, затем в .then((data) => {}) у вас есть data, а в .catch((error) => {}) у вас есть error. Или вы можете просто поместить эти exec() в обратный вызов вызова s3.

Ваш код должен выглядеть так в соответствии с решением 2 (из комментариев):

const AWS = require('aws-sdk');
const fs = require('fs');
const child_process = require("child_process");
const exec = require('child_process').exec; 

var s3 = new AWS.S3();

var filePath = '../Desktop/Certs/'
var bucketName = 'neb.certificates' //replace example bucket with your s3 bucket name

var params = {
  Bucket: bucketName, 
  Prefix: 'dev/jenkins.secure.care/',
};

s3.listObjectsV2(params, async function(err, data) {
  if (err) console.info(err, err.stack); // an error occurred
  else {
      // console.info(data.Contents)
      var len = data.Contents.length

      for(var i=0; i<len; i++){
          var key = data.Contents[i]["Key"]

          var newPath = filePath.concat(key.substring(31))

          const downloadFile = (newPath, bucketName, key) => {

              //construct getParam
              var getParams = {
                  Bucket: bucketName,
                  Key: key
              };
              return s3.getObject(getParams).promise();
          };

          const downloadData = await downloadFile(newPath, bucketName, key).catch(console.error);
          fs.writeFileSync(newPath, downloadData.Body.toString());
          console.info(newPath, 'created');
      }

      //rename files
      console.info('renaming first cert.pem');
      exec('mv  ../Desktop/Certs/cert.pem ../Desktop/Certs/jenkins.crt', (err, stdout, stderr) => {  
        if (err) {  
          console.error(err);  
          return;  
        }  
        console.info(stdout);  
      }); 

      console.info('renaming second privkey.pem');
      exec('mv ../Desktop/Certs/privkey.pem ../Desktop/Certs/jenkins.key', (err, stdout, stderr) => {  
        if (err) {  
          console.error(err);  
          return;  
        }  
        console.info(stdout);  
      });
  }
});