Как развернуть сложные решения SQL с помощью установщика?

Часть процедуры установки продукта, над которым я работаю, устанавливает утилиту обновления базы данных. Утилита проверяет текущую версию базы данных пользователей и (при необходимости) выполняет серию операторов SQL, которые обновляют базу данных до текущей версии.

Две ключевые особенности этого распорядка:

• После запуска он запускается без взаимодействия с пользователем.
• Операции SQL сохраняют целостность данных пользователей

Цель состоит в том, чтобы сделать процедуру настройки / базы данных как можно более простой для конечного пользователя (целевая аудитория не является технической). Однако я считаю, что в некоторых случаях эти две функции расходятся. Например, я хочу добавить уникальный индекс к одной из моих таблиц, но возможно, что существующие данные уже нарушают это правило. Я мог бы:

• Молча выбирайте, что «подходит» пользователю, и отбрасывайте (или архивируйте) данные; или же
• Попросите пользователя понять, что такое уникальный индекс, и попросите его выбрать, какие данные куда направляются.

Мне ни один из вариантов не кажется привлекательным. Я мог пойти на компромисс и вообще не создавать уникальный индекс, но это было бы отстой. Интересно, что делают в этой ситуации другие?